Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (LLDIKTI) adalah bentuk baru dari lembaga yang awalnya bernama KOPERTIS. Sejarah KOPERTIS diawali dengan terbitnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 1/PK/1968 tanggal 17 Februari 1968 yang menjadi dasar pembentukan Koordinator Perguruan Tinggi (KOPERTI) yang mempunyai fungsi sebagai aparatur konsultatif dengan Kepala Kantor Perwakilan Pendidikan dan Kebudayaan setempat. Saat itu LLDIKTI Wilayah IX bernama KOPERTI Wilayah VII yang meliputi Provinsi Sulawesi Selatan, Sulawesi Tenggara, Sulawesi Tengah, Sulawesi Utara, Maluku dan Irian Jaya.
Seiring dengan bertambahnya jumlah perguruan tinggi swasta, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan mengeluarkan Surat Keputusan Nomor 079/O/1975 tanggal 17 April 1975 yang membatasi ruang lingkup pelayanan KOPERTI hanya kepada Perguruan Tinggi Swasta sehingga nama Koordinasi Perguruan Tinggi (KOPERTI) berubah menjadi Koordinator Perguruan Tinggi Swasta (KOPERTIS).
Dalam rangka penyesuaian dengan perkembangan di bidang pengelolaan Perguruan Tinggi Swasta, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan menerbitkan Surat Keputusan No. 0135/O/1990 tanggal 15 Maret 1990, tentang Organisasi dan Tata Kerja Koordinator Perguruan Tinggi Swasta yang didalamnya selain mengatur susunan organisasi dan tata kerja Kopertis juga merubah Wilayah kerja menjadi 12 Wilayah, sehingga Kopertis Wilayah VII terbagi 2 menjadi Kopertis Wilayah IX yang melayani Provinsi Sulawesi Selatan, Sulawesi Tenggara, Sulawesi Tengah, Sulawesi Utara dan Kopertis Wilayah XII yang melayani Provinsi Maluku dan Irian Jaya.
Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 1 tahun 2013 jo No. 42 tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kopertis kembali menambah wilayah kerja Kopertis menjadi empat belas wilayah dengan bertambahnya Kopertis Wilayah XIII Aceh dan Kopertis Wilayah XIV Papua.
Sesuai dengan amanat Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, Kopertis bertransformasi menjadi LLDIKTI dengan terbitnya Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 15 tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi. Peraturan ini kemudian diperbarui dengan Permendikbud Nomor 34 Tahun 2020 yang memekarkan wilayah kerja LLDIKTI Wilayah IX ke Wilayah XVI meliputi Provinsi Gorontalo, Sulawesi Tengah dan Sulawesi Utara, sehingga saat ini LLDIKTI Wilayah IX hanya melayani Provinsi Sulawesi Selatan, Sulawesi Tenggara dan Sulawesi Barat.
